以下是我的Fedora KDE 安装后的配置备忘录，也适用于Ubuntu。
last update 2016-05-21
今天整理电脑内容的时候想到一些关于兴趣和工作的东西，与大家分享。
实验室有个人的电源坏了，把主板也烧掉了，幸好硬盘没事；今天实验室又有个人的硬盘突然坏掉了，所幸资料已备份，损失不大。这再次给大家敲响了警钟：定期备份资料。所以，我决定整理电脑，把重要的东西同时备份到两个网盘。
本文举例介绍生物信息学多文件数据处理的一些编程思路，希望对大家有所帮助。
如果你是想从gff格式提取CDS，请看另一篇《Extract cds fastas from a gff annotation + reference sequence》。
师妹对某物种测序获得很多scaffold，用glean预测了基因结构（CDS、mRNA等），另外还预测了snp位点，她想统计各mRNA中的snp位点。
本文介绍linux服务器无法联网的情况下，给R设置代理，方便联网安装R包。
第一步：
个人电脑安装一个代理服务器，比如ccproxy。
进入设置查看http端口（默认为808）。在命令行运行ipconfig获取自己的ip，比如192.168.1.100。
运行代理服务器，并设置系统防火墙以及杀毒软件，确认代理服务器的端口可用。
第二步：
登录linux服务器，编辑~/.bashrc文件，加入如下一行
export http_proxy="http://192.168.1.100:808"
运行以下命令使其生效，或者断开重新连接服务器
. ~/.bashrc
进入R，输入以下命令：
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.1.100:808")
输入以下命令，确认设置成功：
Sys.getenv("http_proxy")
设置成功，即可在线安装包了。
其他：
本文指导如何在linux中安装官方的Java开发工具包——JDK，内含Java运行环境Jre。因为版权等原因，很多Linux发行版安装的都是OpenJDK，可某些情况需要官方的JDK。
下载
在http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html，点击大大的java图标，进入下载页面，选择下载最新jdk，并解压到/usr/java目录：
sudo tar -zxvf jdk-7u25-linux-x64.tar.gz -C /usr/java
修改软链接到最新，结果如下：
$ls -lh /usr/java/ total 4.0K lrwxrwxrwx. 1 root root 16 Mar 3 23:34 default -> /usr/java/latest drwxr-xr-x. 8 root root 4.0K Aug 19 21:03 jdk1.7.0_25 lrwxrwxrwx. 1 root root 21 Aug 19 21:04 latest -> /usr/java/jdk1.7.0_25
配置环境变量
本文结合网上和自己的经验指导如何在linux中无root权限安装MySQL。
【2014-6-20】囧，我之前安装的，怎么都没法运行成功了
约定
我的MySQL将安装在下面的目录，将设置默认端口号为33060（可任意，必须大于1024，且不能其它软件冲突）。
/db/home/shenwei/local/app/msyql
下文中的配置文件中，最好使用绝对路径，不要使用相对路径，如“~/”。
安装编译工具
cmake是必须的，其它基本的编译工具，如gcc等就不说了吧，如果configure过程中提醒缺少编译器，请自行google。
请到http://www.cmake.org/files/选择最新版的cmake链接，然后下载安装：
wget http://www.cmake.org/files/v2.8/cmake-2.8.11.1.tar.gz cd cmake-2.8.11.1 ./configure --prefix=/db/home/shenwei/local/app/cmake make && make install
将cmake目录加入环境变量(或者在~/local/bin下面建立链接cmake可执行程序的软链接, ~/local/bin是我自己的bin目录, 已经加入到环境变量$PATH中)：编辑~/.bashrc或者~/.bash_profile，加入以下内容：
export PATH=~/local/app/cmake:$PATH
让其生效
. ~/.bashrc
编译、安装MySQL
下载前请到http://dev.mysql.com/downloads/mysql/中，选择source code，页面最下端，下载最新版本的源码（mysql-5.6.××.tar.gz）。33060是自定义的端口号。
tar -zxvf mysql-5.6.19.tar.gz cd mysql-5.6.19 cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/db/home/shenwei/local/app/mysql -DMYSQL_TCP_PORT=33060 make && make install
配置
1）将MySQL的bin目录和scripts目录加入环境变量：编辑~/.bashrc或者~/.bash_profile，加入以下内容：
export PATH=~/local/app/mysql/bin:~/local/app/mysql/scripts:$PATH
让其生效
. ~/.bashrc
2）安装数据库。
本文提供改进的本地化Blast2GO自动化安装脚本，以及指导如何更新数据库，并提供导入数据中断的解决方案。对无root权限的用户同样有效，同时指导如何成功运行b2g4pipe和本地Blast2GO图形界面。
——————————————————————————
本人仅安装了此程序，未跑过真实数据，且时间已久，不做任何解答，抱歉
——————————————————————————
由于Blast2GO官方网站提供的Blast2GO数据库安装教程需要用户具有root权限，而其官网上另一自动化安装脚本已过时，会出错，故文本将二者结合，并根据自身经验重新整理。
软件环境
注：1. 除非是已经非root安装mysql在有足够磁盘空间的分区（home）下，请一定参照网上的方法把Mysql的数据库目录配置到有足够空间的目录下面！2. 安装oracle jdk，不用卸载openjdk，并切换java到oracle jdk。
sudo /usr/sbin/alternatives --config java
手动准备数据
1) 避免不稳定的网络环境使下载中断，自己用迅雷或者FTP客户端（wget也支持断点续传）下载以下4个文件（一共5.1G）：
2) 解压文件。提示：gzip -d解压文件后会删除原来的压缩文件。
gzip -d *.gz
3）下载local_b2g_db.zip文件，并解压。内含创建数据库的b2gdb.sql文件和导入idmapping文件的java程序ImportIdMapping.class及其依赖的库mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar。
为了方便，上述文件都放到同一目录下。解压后文件清单如下：
./: 31.48 GB 2.97 KB ImportIdMapping.class 2.33 KB b2gdb.sql 1.83 KB download_and_install.sh 3.27 GB gene2accession 1.32 GB gene_info 22.37 GB go_201307-assocdb-data 4.51 GB idmapping.tb 528.18 KB mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar
导入数据库
0) 预防针。
b2gdb.sql建立数据库以及用户时，默认只赋予用户（blast2go）在本机（localhost）访问数据库（b2gdb）的权限，如下所示：
GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it'; FLUSH PRIVILEGES;
如果你今后需要在自己电脑使用服务器的b2g数据库，那么你需要赋予blast2go在任意主机（%）访问数据库的权限，修改如下：
GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'%' IDENTIFIED BY 'blast4it'; FLUSH PRIVILEGES;
没这样设置的结果就是，PC远程连接服务器的数据库提示connection time out，即使PC和服务器的防火墙设置无问题，仍然无法连接数据库。那么补救措施就是在服务器登陆mysql（必要时-P指定端口），运行上述两句mysql命令。
1) 配置download_and_install.sh文件：
做好服务器安全防护刻不容缓。
last update: 2015-12-08
最近一些QQ群里老有想收购“shell”的人想加进来，说白了就是买被黑掉的服务器的权限。想到之前的斯诺登事件等安全事件，我今天特意看检查了服务器的ssh日志，让人大吃一惊：短短三天就有1400多次失败的ssh登录尝试。
给定一个包含id的文件来从另一个序列文件中提取对应的序列，是生物信息学数据处理中常见的情形，本文提供一个Perl实现的快速解决方案，运行速度快，可轻松应对百万级的id和上G的大序列文件。 See more in < Manipulation on FASTA format file>
大家通常以”小骆驼“作为Perl学习入门首选书籍，这里推荐一下Perl的其它电子书，适合进一步学习，Perl进阶。
能看完中文的就足够了：